一位参与屠杀的罗刹兵记述了整个大屠杀的过程：“到达布拉戈维申斯克（海兰泡）时，东方天空一片赤红，照得黑菱江水宛若血流。手持刺刀的罗刹军将人群团团围住，把河岸那边空开，不断地压缩包围圈。军官们手挥战刀，疯狂喊叫‘不听命令者，立即枪毙。’人群开始象雪崩一样，被压落入黑菱江的浊流中去。人群中发狂一样喊叫声震蓝天，有的想拼命拨开人流钻出罗网；有的践踏着被挤倒的妇女和婴儿企图逃走。这些人或者被骑兵的马蹄蹶到半空，或者被骑兵的刺刀捅翻在地。随即罗刹国兵一齐开枪射击，喊声、哭声、枪声、怒骂声混成一片，凄惨之情无法形容，简直是一幅地狱的景象。”
“清扫现场的工作，紧跟在一场血腥的屠杀之后立即开始进行。那堆积如山的‘尸体’，大部分是气息未绝的活人，他们周身肝脑迸溅血肉狼藉，场面惨不忍睹。不管是死是活，那些华兰人都被罗刹军一古脑儿地投入江水。清扫过后，黑菱江水浮着半死的人们象筏子似的滚滚流去，残留在江岸大片血泊中的只是些散乱丢弃鞋、帽和包袱之类。就是连这些遗物，也都被蹂躏得一无完形。”
瑷珲副都统衙门笔帖式杨继功曾经记述：“二十一日(公历七月十七日)午前十一钟时，遥望彼岸，罗刹驱无数华侨圈围江边，喧声震野。细瞥罗刹兵各持刀斧，东砍西劈，断尸粉骨，音震酸鼻，伤重者毙岸，伤轻者死江，未受伤者皆投水溺亡，骸骨漂溢，蔽满江洋。”
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目睹这场大屠杀的人，无不感到‘毛骨悚然和为之心碎’。就连屠杀者也受到了良心的谴责，一个罗刹国义勇兵说：“杀人的一方，完全灭绝人性，他们不是魔鬼，便是畜性。在人世间竟能看到如此惨景，……简直就是一场恶梦。如果被杀的人都是些还有挣扎能力的男子的话，也许不会如此凄惨，但是当看到一些紧搂婴儿企图逃脱的母亲被纷纷刺倒，从怀中滚落的婴儿被碾得粉碎时，只有那些完全没有人性的野兽才能禁得住。”
海兰泡大屠杀从1900年7月16日一直进行到21日，共夺去了五千多名华兰人的生命，只有少数人游到对岸得以逃生。1900年7月22日，阿穆尔当局宣布，海兰泡华兰人被全部‘肃清’了。事发十几天后，沉溺在黑菱江底的无数死难者尸体浮上水面顺流淌去，江面漂浮油层，江水为之奇腥。
1900年7月17日，阿穆尔当局举行海兰泡大屠杀的同时，另派出军队扑向江东六十四屯，对华兰居民举行了多次扫荡。罗刹兵‘驱各屯居民聚于一大屋中’举火焚烧，大部分人都被活活烧死。
罗刹兵又‘沿村发火’，毁尽房屋，枪杀居民，仅博尔多屯一地就杀害了上千人。最后罗刹军将‘未及过江者，不分男妇老幼，农夫工匠，负贩商贾及民间各行等业一同逼入江中，通共浮水得生者不过六七十人，其余均被逼溺死江中，浮尸蔽江者数日不绝。’至21日，罗刹军将华兰居民的村庄全部捣毁干净，这次江东六十四屯惨案，又夺去了二千余名华兰居民的生命。